神社內的職位排名稱為職階。根據神社的規模和由緒有所不同，通常會設有「宮司」、「禰宜」和「権禰宜」。原則上，宮司和禰宜在每個神社各有一名。在某些特別的神社中，宮司之下會設有「権宮司」或多名禰宜。簡單來說，宮司是神社的代表，権宮司是副代表，禰宜是宮司的助手，而權禰宜是一般職員。權禰宜以下的是初級神職，通常大型的神社會設置這些職位，如「宮掌」、「主典」、「典仕」、「出仕」，以及是神道課程學生的「出仕前」、「實習生」和「研修生」等。此外，還有臨時代行的職位，如「宮司代務者」。
由於歷史和文化習俗等的原因，伊勢神宮被定為神社本廳之本宗，和日本的總氏神。因此神社本廳及其所屬的79094座神社，將伊勢神宮定為神社本廳的信仰中心，和神社本廳中最尊貴的神社[6][7]。在伊勢神宮中，則特別設置「祭主」（名義上的最高神職，通常由已經出嫁的天皇女兒擔任，需要由天皇敕旨任命）、「大宮司」（伊勢神宮運作上的最高負責人，通常由舊皇族成員的男性後裔擔任，任命時需要提請天皇的批准）、「少宮司」、「禰宜」、「權禰宜」、「宮掌」、「出仕」和「出仕前」。
職階
解釋
祭主
只在伊勢神宮設置，通常由已結婚的天皇女兒擔任。伊勢神宮名義上的最高神職，不參與日常運作。通常只參與、出席和主持大型的祭典。需要由天皇的敕旨任命。
大宮司
只在伊勢神宮設置，伊勢神宮的最高負責人，通常由舊皇族的男性後裔擔任。通常只參與和負責較重要的工作，例如策劃和主持式年遷宮及其他重要活動/祭典。任命時需要提請天皇的同意。
少宮司
只在伊勢神宮設置，相當於其他神社的宮司。伊勢神宮排名第二的神職，日常運作的負責人。
宮司
神社的代表和負責人，相當於公司的董事長。
權宮司
神社的副代表和第二負責人，相當於公司的董事。
禰宜
神社的主管級人員，相當於公司的經理或主管。
權禰宜
大型神社的高級或有經驗的神職人員。
普通神社的一般神職人員。
宮掌、主典
一般或初級的神職人員，通常只在大型神社設置。
典仕、出仕
剛入職的神職人員，通常只在大型神社設置。
出仕前、研修生、實習生
通常是授予見習中的神職人員，或是在神社實習的神道課程學生。
除了神職之外，神社還設有事務職如「參事」、「錄事」、「主事」、「主事補」，宗教職如「教導司」和「教学司」，以及其他專業職位如「伶人」、「技監」、「技師」、「庭師」、「衛士」和「守衛」。此外，「巫女」和「舞女」不屬於神職。
此外，無論神社大小，只要是屬於神社本廳的宮司或宮司代務者，若為宗教法人，則作為代表役員地位是平等的。例如，別表神社的宮司和地方小神社的宮司，在影響力上雖有差異，但作為代表役員的地位是相同的。需要注意的是，職階和階位是不同的，職階較高者在神職中的地位也較高。例如，正階或権正階的宮司高於明階的禰宜或権禰宜。
根據神社本廳的宗教法人規則「宗教法人『神社本廳』廳規」第78條規定，「以宮司為代表役員，以宮司代務者為代表役員的代務者」。根據同庁規第90條第1項，「宮司及宮司代務者的進退由代表役員以外的役員具申，統理進行。但當統理認為必要時，可在獲得代表役員以外的責任役員同意後進行進退」。第91條規定，「権宮司的進退由宮司具申，經役員同意後由統理進行」。而「禰宜以下的進退由宮司具申，經統理進行」。此外，神社本廳的「役職員進退相關規程」規定宮司和別表神社的権宮司的任免由「統理進行」，其他神職則由「在統理指揮下由都道府縣神社廳長進行」。
在伊勢神宮中，根據宗教法人規則「神宮規則」，祭主的任命是「由天皇的敕旨定奪」（神宮規則第30條第1項後段），伊勢神宮大宮司的任免則需「獲得伊勢神宮崇敬者總代的同意，並由神宮責任役員〔神宮少宮司及由崇敬者總代會選出的責任總代〕連署後，向天皇請示」（神宮規則第32條）。伊勢神宮少宮司的任免則由伊勢神宮大宮司在獲得神宮崇敬者總代的同意後進行（神宮規則第33條），而其他神職的任免則由「大宮司進行」（神宮規則第34條）。